Óriásvírusok nyomában az ELTE

A világon elsőként az ELTE kutatócsoportjának sikerült igazolnia óriásvírusok jelenlétét a bolygó legnagyobb sós sivatagában, a Kutch sivatagban (ami India Gudzsarát tagállamának területén található). Kerepesi Csaba PhD-hallgató és Grolmusz Vince egyetemi tanár erről készült publikációját 2015. december 14-én jelentették meg az Archives of Virology című szakmailag rangos folyóiratban.

Mik is azok az óriásvírusok?
Az óriásvírusokat francia kutatók angliai ipari hűtőtornyok biofilmjének vizsgálata közben fedezték fel, 2003-ban. A „sima” vírusok általában csak elektronmikroszkóppal láthatók, és csak pár száz génjük van. Ehhez képest az óriásvírusok fénymikroszkóppal is észrevehetők, több ezer génjük és saját élősködőik is lehetnek. Ezek a virofágok, amik az óriásvírusok gazdasejtben való szaporodását fordítják a saját javukra. A szakemberek idáig csak tengerekben, tavakban, folyókban és ipari hűtőtornyokban találtak, de sós és sivatagi talajban még nem leltek óriásvírusokra.

ELTE-s siker
Az ELTE PIT Bioinformatikai Csoportjának kutatói tehát a világon elsőként bizonyították be óriásvírusok jelenlétét a Kutch sivatagban, ehhez az általuk fejlesztett „Giant Virus Finder” nevű új bioinformatikai eszközt használták.
Tudósaink indiai kutatók adatait vizsgálták, amik alapján a talajmintákban óriásvírus DNS-szekvenciákat találtak.
Kutatási eredményeik arra mutatnak rá, hogy az óriásvírusok sokkal gyakoribbak lehetnek a Földön, mint azt eddig gondolták.
A DNS-mintákat sokszor használják nyomozati munka közben, ehhez hasonlóan keresnek vírusokat a környezeti DNS mintákban (a DNS szekvenciák hasonlósága alapján).

A módszer
A „Giant Virus Toplist”-et a vírusok genomjainak mérete alapján készítették el, majd egy egy kétfázisú, DNS-hasonlóságkereső eljárást alkalmaztak. Így akkor bizonyított az órásvírus jelenléte, ha a legjobb DNS szekvencia-illesztések mind a „Giant Virus Toplist”-ben levő óriásvírusok közül kerültek ki.
Kerepesi Csaba PhD-hallgató és Grolmusz Vince egyetemi tanár tanulmányát erről 2015. december 14-én jelentették meg az Archives of Virology című szakmailag rangos folyóiratban.

Forrás: elte.hu

Kép: techymac.com